Stąd też w następnym wieku, z ośrodków socynianizmu, popłynęły oryginalnie sformułowane argumenty na rzecz idei tolerancji. Głosił je przede wszystkim Jan Crell w traktacie „O wolności sumienia”  (1637) a także Samuel Przypkowski i Jonasz Szlichtyng w rozlicznych pismach ich autorstwa.


Imperatyw tolerancji w Zborze Braci Polskich

Ideę tolerancji głosili w stopniu ograniczonym stoicy rzymscy, na przykład Marek Aureliusz. Renesans podjął te ideę a Reformacja nadała jej wyjątkową aktualność. Wybitni przedstawiciele włoskiego renesansu, Celio Secundo Curione, Giacomo Aconzio, a przede wszystkim Sebastian Castellio byli gorącymi zwolennikami tolerancji i czołowymi jej ideologami [1].

Słowo „tolerancja" bywa używane w dwojakim znaczeniu. Tolerancję rozumie się jako pobłażanie złu dyktowane bądź to słabością, bądź indyferentyzmem, koniunkturalizmem a niekiedy fałszywie pojmowanym współczuciem. W swym drugim znaczeniu tolerancja wypływa z poszanowania odrębności poglądów czy postaw, których się nie podziela, ale uznaje się za społecznie wartościowe i moralnie uzasadnione. Tolerancja oznacza uznanie prawa innych - innych wiarą, pochodzeniem czy narodowością - do kultywowania swych ideałów na równi z naszymi. Tolerancja i wolność są ze sobą nierozerwalnie złączone. Wolność jest tutaj pojęciem kluczowym, której ramy wyznaczają prawa i obowiązki współmieszkańców. Wolność jest warunkiem istnienia i działania jednostek i społeczeństw. Rozkwit tolerancji wymaga ponadto mądrości i wiedzy.

„Wiedza leży u podstaw tolerancji. Wiedza, która oswaja z panoramą możliwych punktów widzenia. Wiedza, to znaczy spojrzenie na świat i ludzi dopuszczając inne punkty niż tylko ten, który został nam zaszczepiony jako jedyny i niepodważalny. A więc nie chodzi tu jedynie o wiedzę zaczerpniętą z książek, która jest rezultatem formalnego wykształcenia. Nie jest przypadkiem, że przesyceni tolerancją bywają na przykład ci, którzy wiele podróżowali i poznali rozmaite kultury (...). Tolerancja dochodzi do głosu wtedy, gdy wyrażamy zgodę na głoszenie poglądów i obyczajów, których nie podzielamy” [2].

Tolerancja urzeczywistnia się, gdy obywatele mają wdrożony wieloaspektowy sposób myślenia. Prawo nie może stanowić wystarczającej gwarancji zapanowania tolerancji, w sytuacjach, w której obywatele będą wychowywani w duchu uprzedzeń.

Idea tolerancji Braci Polskich miała co najmniej trzy wzajemnie oddziaływujące na siebie przyczyny. Pierwszą była tłumaczona już powyżej otwarta koncepcja Boga jako istoty dokonującej samopoznania w trakcie procesu tworzenia, który Bracia Polscy rozumieli jako permanentny. Ta idea prowadzić musiała do syntezy pluralizmu i krytycyzmu, co najlepiej znalazło odbicie w teologicznych rozważaniach F. Socyna i w słynnym poemacie Johna Miltona Raj utracony. Każda idea – w tym idea Boga w tego rodzaju koncepcji musi mieć swoją epigenetyczną postać wcześniejszą i późniejszą.

Drugą przyczyną tolerancji Braci Polskich było przejęcie idei renesansu, gdzie dopełniają się wzajemnie pamięć zbiorowa i poszukiwania intelektualne indywidualnej jednostki. Poszukiwania te mogły dotyczyć sfery sacrum jak i profanum, gdzie sfera profanum została przez niektórych myślicieli epoki odrodzenia postawiona niemal na równi z sacrum. Następuje dostrzeżenie ważności sfery profanum i podejmowane są wysiłki wyjaśnienia stosunków społecznych i politycznych. To połączenie elementu politycznego z wolnością poszukiwań teologicznych było charakterystyczne dla arian od początku istnienia zboru na ziemiach polskich. Można powiedzieć, że już w XVI w. arianie przygotowują grunt pod szerokie rozumienie pojęcia tolerancji. Na taką postawę Braci Polskich niewątpliwie wpłynął silny związek tego ugrupowania z renesansowym humanizmem, przede wszystkim włoskim [3].

W warunkach polskich arianie stanowili najsłabsze ugrupowanie reformacyjne o najwęższym zapleczu wśród feudałów, tolerancja powszechna stanowiła zatem conditio sine qua non dalszego ich istnienia. O wyznaniowej wszechwładzy nie mogli nawet marzyć, skoro byli izolowaną grupą wyznaniową, zakładającą nawet w pierwszym okresie swego istnienia dobrowolne wyłączenie się ze społeczeństwa i rezygnację z udziału w życiu publicznym. W Siedmiogrodzie śmiałe ambicje węgierskich unitarian, gdzie przez jakiś czas na tronie zasiadał ich współwyznawca Jan Zygmunt Zapolya, (zm. 1571), zaszkodziły ich nieskazitelności w obszarze tolerancji. Smutnym przejawem jej braku było wtrącenie do więzienia skłóconego z tamtejszym zborem teologa Franciszka Davidisa, który zmarł w twierdzy Dera w 1579 r.

Trzecim powodem głoszenia tolerancji przez Braci Polskich były warunki panujące w Rzeczypospolitej Obojga Narodów i wynikająca z nich możliwość obrony wolności religijnej przed atakami kontrreformacji. Hasła wolności mogły rozkwitać na terenach należących do właścicieli prywatnych. Od końca XVI stulecia terenem takim okazało się prywatne miasto we wschodniej części ziemi kieleckiej - Raków. Wyjaśnień fenomenu Rakowa należy szukać w sytuacji Rzeczypospolitej Obojga Narodów, którą Norman Davies scharakteryzował w sposób następujący: „Niektórzy polscy historycy sugerują, że Polacy byli w jakiś sposób bardziej tolerancyjni od innych narodów. To nie było tak.(...). Polacy niekoniecznie byli bardziej tolerancyjni niż inni, lecz po prostu ich system rządów był tego rodzaju, że uniemożliwiał organizowanie jakichś ogólnych prześladowań. Władza szlachciców w ich własnych folwarkach była tak wielka, że mogli uniemożliwić funkcjonariuszom państwowym czy kościelnym ingerencję w życie religijne ich poddanych” [4].

Ponadto Bracia Polscy, którzy brali udział w przygotowywaniu Aktu Konfederacji Warszawskiej byli wyłączani spod jej jurysdykcji. Dzieło się tak również dlatego, że propagandziści obozu kontrreformacyjnego odmawiali im miana chrześcijan. Tendencyjnie porównywali ich przekonania religijne do monoteizmu wyznawców islamu[5]. Braci Polskich nie dopuszczono do udziału w synodzie toruńskim (1596) grupującym przedstawicieli wyznań protestanckich obecnych w Rzeczypospolitej jak i odmówiono partycypacji w ugodzie sandomierskiej. Szczególne przejawy nietolerancji wobec przedstawicieli socynian dotyczyły usuwania ich z debat publicznych, a czasem prowadziły do szykan i represji z odmową pochówków na cmentarzach włącznie.

Rozproszone w wielu traktatach a zwłaszcza w listach poglądy Socyna na tolerancję stanowiły pomost pomiędzy XVI-wieczną walką Braci Polskich o uznanie ich stanowiska przez inne środowiska religijne a poglądami ich kontynuatorów z następnego stulecia, występującymi już wprost w obronie pryncypialnie rozumianych zasad wolności sumienia.